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TECNOLOGÍA
DE
CLUSTER Y CÓMPUTO NUMÉRICO EN PARALELO APLICADO A
CIENCIAS E INGENIERÍA
El
curso está organizado para familiarizar al participante con
ideas, conceptos y herramientas disponibles de la
computación
de alto rendimiento. Más importante, mediante
prácticas
intensivas el participante podrá adquirir conocimientos y
destrezas en técnicas computacionales
contemporáneas en
el ámbito de la tecnología de cluster y la
computación
en paralelo, que le permitirán abordar con eficacia
problemas
comunmente encontrados en Ciencias e Ingeniería, que
sólo
pueden ser analizados cuantitativamente mediante el uso del
computador y que requieren de la computación en paralelo
para
obtener resultados en un tiempo razonable.
Se
recomienda que los participantes estén familiarizados con
algún lenguaje de programación, preferiblemente
Fortran
ó C en cualquiera de sus modalidades. El ambiente de trabajo
es UNIX/LINUX, por lo que se recomienda estar familiarizado con este
sistema operativo.
El
curso está diseñado para aprender haciendo, para
lo
cual los participantes
tendrán
acceso a las herramientas computacionales durante el momento de la
instrucción. Así, los instructores constantemente
asignarán a los participantes tareas prácticas a
desarrollar durante el curso, con una duración de 32 horas
distribuidas en secciones teóricas y de laboratorio.
Su
contenido es el siguiente:
-
Tecnología
del Cluster
- ¿Por-qué
trabajar con
máquinas paralelas?
- ¿Qué
es un Cluster de
Alto Rendimiento – HPC?
- Arquitectura de
Equipos en Paralelo
- Bases
Teóricas para el
diseño de un Cluster
- Instalación
de un Clúster
- Ejecución
de Aplicaciones en un
Clúster
- Sistema de Colas de
Trabajo
- Administración
y
supervición de Clúster
-
Computación
Paralela
- Introducción
-
Computación Paralela.
- Computación
Distribuida.
- Ejemplos
Ilustrativos
-
Entonación
de Códigos
- Introducción
- Caracterización
del rendimiento
de un Código
- Lazos y Arreglos
- Lazos y
“Pipeline”
- El Peso
Aritmético
- Opciones de
optimización del
compilador
- Introducción
al Paralelismo
automático
- Ejemplos
Ilustrativos
- Ejercicios
-
Introducción
a MPI
- Elementos
Básicos de la
Programación con MPI
- Comunicación
Punto a Punto
- Comunicaciones
Colectivas
- Lenguajes de
Programación y MPI
- Ejemplos
Ilustrativos
- Ejercicios
-
Bioinformática y Computación de Alto Rendimiento
- Bioinformática
en
Tecnología de Cluster
- Alineamiento de
Secuencias en Paralelo
- Dinámica
Molecular en
Proteínas
- Ejemplos
Ilustrativos
- Uso de Bibliotecas
Paralelas para
Bioinformática
- Ejercicios
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COMPUTO
NUMERICO EN
PARALELO PARA BIOINFORMÁTICA
El
curso está organizado para familiarizar al participante con
ideas, conceptos y herramientas disponibles de la
computación
de alto rendimiento para la Bioinformática. Más
importante, mediante prácticas intensivas el participante
podrá adquirir conocimientos y destrezas en
técnicas
computacionales contemporáneas en el ámbito de la
bioinformática y la computación en paralelo.
Se
recomienda que los participantes estén familiarizados con
algún lenguaje de programación.
El
curso está diseñado para aprender haciendo, para
lo
cual los
participantes
tendrán
acceso a las herramientas computacionales durante el momento de la
instrucción. Así, los instructores constantemente
asignarán a los participantes tareas prácticas a
desarrollar durante el curso.
Su
contenido es el siguiente:
- Computación Paralela
- Entonación
de Códigos
- Introducción
- Caracterización
del rendimiento
de un Código
- Lazos y Arreglos
- Lazos y
“Pipeline”
- El Peso
Aritmético
- Opciones de
optimización del
compilador
- Introducción
al Paralelismo
automático
- Ejemplos
Ilustrativos
- Ejercicios
-
Introducción
a MPI
- Elementos
Básicos de la
Programación con MPI
- Comunicación
Punto a Punto
- Comunicaciones
Colectivas
- Lenguajes de
Programación y MPI
- Ejemplos
Ilustrativos
- Ejercicios
-
Bioinformática y Computación de Alto Rendimiento
- Bioinformática
en
Tecnología de Cluster
- Alineamiento de
Secuencias en Paralelo
- Dinámica
Molecular en
Proteínas
- Ejemplos
Ilustrativos
- Uso de Bibliotecas
Paralelas para
Bioinformática
- Ejercicios
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TALLER
DE
HERRAMIENTAS DE ANÁLISIS Y SECUENCIAS
Los
Talleres de Herramientas para Análisis de Secuencias (THAS)
busca entrenar a estudiantes y profesionales en el empleo de algunas
herramientas para análisis genético, bien sea
secuencias de ácidos nucléicos o secuencias de
proteínas. Es de carácter nacional y
tendrá
lugar del 23 al 27 de mayo del
2005 en
la Universidad de Los Andes con el apoyo total del Servidor de
Bioinformática del Centro Nacional de Cálculo
Científico, CeCalCULA
El Taller es la
undecima edición en el área de
biología y la
novena de una serie programada para el entrenamiento de recursos
humanos en distintas áreas, adelantada por CeCalCULA desde
1997, año en que se creó el centro. Se realizan
en la
ULA, IDEA, UNET e instituciones academica que asi lo requieran
El objetivo de
los Talleres es el aprendizaje-enseñanza de paquetes
completos
(de distribución gratuita o con licencia) para el
tratamiento,
organización, distribución,
visualización e
interpretación de información proveniente del
estudio
del genoma.
Los
participantes podrán traer sus propias secuencias para ser
analizadas con los diversos programas que se daran en el taller
El taller
estará enfocado en los siguientes tópicos:
- Manejo
de EMBOSS.
- Búsqueda
en Servidores Remotos (NCBI, EMBL, DDBJ, otros)
- Bases de
Datos ( de ácidos nucleicos, proteínas,
estructuras 3D,
genomas, otros)
- Análisis
de Secuencias (PM, % aa/nt, ubicación subcelular,
restricción, 3D, otros)
- Alineamiento
Simple y Múltiple de Secuencias.
- Construcción
de Árboles filogenéticos con Phylip y MEGA2
- CLUSTAL,
PHYLIP, Visualizadores 3D, otros.OMIM
(Base de
datos de genes humanos y desordenes genéticos)
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TÉCNICAS
Y
HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES EN INGENIERÍA: ELEMENTOS
FINITOS
Y CAD-CAE
El
tema específico de este Taller es el método de
los
elementos finitos. Este concepto forma parte de la base de lo que
constituye la ingeniería moderna dentro de los
métodos
numéricos. El método de elementos finitos es
aplicable
a toda clase de problemas (estos incluyen análisis
estructurales, transferencia de calor, flujo de fluidos, y
electromagnéticos). El empleo sistemático de la
computación en el diseño, mantenimiento y
evaluación
de procesos, equipos industriales, obras civiles, etc., se ha hecho
cotidiano en los países industrializados. La
simulación
numérica de estos procesos o del comportamiento de los
equipos
antes de que sean incluidos en la práctica industrial, o
incluso fabricados, constituye una significativa ventaja comparativa
para aquellos que disponen de los instrumentos necesarios. Una simple
y económica simulación numérica previa
a la
implementación industrial del objeto puede poner en
evidencia
fallas ocultas y así ahorrar considerables cantidades de
dinero o inclusive salvar vidas humanas. Permite también la
obtención de un diseño óptimo que
seria
imposible de otra manera. El rango de las aplicaciones del
método
de elementos finitos abarca la extracción de
petróleo
en un medio poroso, la evaluación de la seguridad de un
hospital ante un evento sísmico y hasta el
análisis de
la fractura de un hueso humano.
CeCalCULA
se ha equipado con los programas de elementos finitos y
diseño
asistido por computadora más sofisticados que existen en el
mercado (ABAQUS, MSC/PATRAN, MSC/ARIES, etc.). Todos estos soportes
lógicos están a la disposición de la
comunidad
científica nacional. Sin embargo la complejidad de estos
instrumentos y de los conceptos subyacentes requieren de un esfuerzo
especial de divulgación y entrenamiento para maximizar y
racionalizar su empleo. Las conferencias del evento incluyen charlas
sobre los aspectos fundamentales del método, sobre las
potencialidades y la filosofía de diseño de los
programas, sobre el empleo de estos paquetes en aplicaciones
prácticas concretas y sobre las tendencias futuras en el
área.
Su
contenido es el siguiente:
- Introducción
al método
de los elementos finitos para el análisis estructural y el
diseño mecánico
- Introducción
al pre-post
procesamiento de elementos finitos con MSC/PATRAN y MSC/ARIES y sus
módulos de cálculo (NASTRAN, DITRAN, etc...)
- ABAQUS como
herramienta para el
análisis estructural por elementos finitos.
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TALLER
GRID
Hoy en
día
las ciencias han avanzado de tal manera que han ido emergiendo una
serie de necesidades tecnológicas, entre ellas se encuentran
las de compartir los recursos, almacenar y analizar grandes
cantidades de data, aunado al hecho de que los usuarios y las
instituciones están distribuidos geográficamente.
Para
dar una solución a estas necesidades han surgido los Grids
Computacionales.
El taller
estará
enfocado en los siguientes tópicos:
- Conceptos Grid
Computacionales.
- Presentación
y sesión
de laboratorio GILDA.
- Demostración
InnerGrid.
- Proyectos
GridLAC, HELEN .
- Presentación
y sesión
de laboratorio de herramientas SUN .
- Presentación
y sesión
de laboratorio Globus.
- Presentación
y sesión de
laboratorio GridPort.
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